- Tại Khoản 2 Điều 18 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính quy định về hồ sơ thông báo miễn giảm thuế theo Hiệp định như sau:

"Trường hợp Nhà thầu nước ngoài thuộc diện được miễn thuế, giảm thuế do áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam và nước, vùng lãnh thổ khác thì thực hiện thêm các thủ tục sau:

Mười lăm (15) ngày trước thời hạn khai thuế, bên Việt Nam ký kết hợp đồng hoặc chi trả thu nhập cho Nhà thầu nước ngoài gửi cơ quan thuế Hồ sơ thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định. Hồ sơ gồm:

- Thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định mẫu số 01/HTQT ban hành kèm theo Thông tư này;

Trường hợp vì lý do bất khả kháng, người nộp thuế không cung cấp đủ các thông tin hoặc tài liệu theo yêu cầu của Thông báo này, đề nghị giải trình cụ thể tại Thông báo này …"

- Tại khoản 2 Điều 39 Thông tư số 28/2011/TT-BTC nêu trên quy định về thủ tục miễn thuế TNCN đối với chuyên gia nước ngoài thực hiện dự án ODA như sau:

"- Công văn đề nghị của Chủ dự án hoặc nhà thầu (công ty) đề nghị miễn thuế thu nhập cá nhân đối với Chuyên gia.

- Xác nhận của Cơ quan chủ quản về việc Chuyên gia đáp ứng đủ điều kiện về ưu đãi và miễn trừ theo Mẫu số 01/XNCG ban hành kèm theo Thông tư này.

- Các tài liệu liên quan đến thu nhập được miễn của Chuyên gia (hợp đồng, chứng từ trả thu nhập,...)

Trong vòng 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan thuế cấp Xác nhận miễn thuế thu nhập cá nhân cho Chuyên gia theo Mẫu số 02/XNMT ban hành kèm theo Thông tư này.

Đối với Chuyên gia ký hợp đồng với Chủ dự án hay với nhà thầu (công ty) thì Chủ dự án hoặc nhà thầu (công ty) gửi hồ sơ đề nghị miễn thuế Thu nhập cá nhân cho Chuyên gia đến cơ quan thuế địa phương nơi đặt trụ sở."

Căn cứ các quy định trên thì để Nhà thầu nước ngoài không thực hiện chế độ kế toán Việt Nam được miễn thuế TNDN theo Hiệp định đối với thu nhập có được từ việc thực hiện dự án tại Việt Nam và chuyên gia nước ngoài thực hiện dự án ODA được miễn thuế TNCN thì Ban Quản lý dự án (Cục Quản lý tài nguyên nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường) phải gửi cơ quan thuế đầy đủ Hồ sơ thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định và hồ sơ đề nghị miễn thuế TNCN cho chuyên gia nước ngoài theo quy định tại Thông tư số 28/2011/TT-BTC nêu trên.

Đề nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường chỉ đạo Chủ dự án, Ban Quản lý dự án và các đơn vị liên quan thực hiện bổ sung đầy đủ hồ sơ thủ tục theo quy định tại Thông tư 28/2011/TT-BTC nêu trên để các Dự án được miễn thuế theo quy định.