Để hỗ trợ cho tổ chức, cá nhân kê khai thuế đúng với quy định của chính sách thuế mới ban hành, Tổng cục Thuế đã nâng cấp phần mềm Hỗ trợ kê khai sử dụng công nghệ mã vạch phiên bản 3.0.1 đáp ứng yêu cầu nghiệp vụ khai thuế Thu nhập cá nhân theo Thông tư 113/2011/TT-BTC ngày 04/08/2011 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 62/2009/TT-BTC ngày 27/3/2009, Thông tư số 02/2010/TT-BTC ngày 11/01/2010 và Thông tư số 12/2011/TT-BTC ngày 26/01/2011 và Công văn số 10790/BTC-CST ngày 12/8/2011 về việc triển khai thực hiện Nghị quyết số 08/2011/QH13 của Quốc hội, nội dung cụ thể:
- Các tổ chức, cá nhân chi trả tiền hoa hồng đại lý bán hàng hoá; tiền lương, tiền công, tiền dịch vụ khác, tiền chi khác cho cá nhân thực hiện các dịch vụ có tổng mức trả thu nhập từ 1.000.000 đồng/lần trở lên thì thực hiện khấu trừ thuế trước khi trả thu nhập cho cá nhân theo hướng dẫn sau: Áp dụng mức khấu trừ theo tỷ lệ 10% trên thu nhập trả cho các cá nhân có mã số thuế và 20% đối với cá nhân không có mã số thuế, trừ các trường hợp Bộ Tài chính đã có văn bản hướng dẫn mức tạm khấu trừ riêng (như tiền hoa hồng đại lý bảo hiểm, tiền hoa hồng đại lý xổ số).
- Từ tháng 8/2011 đến hết tháng 12/2012: Tạm khấu trừ theo tỷ lệ 0,05% đối với các giao dịch chứng khoán trên các sàn giao dịch (thay thế cho tỷ lệ 0,1% trước đây).
- Từ tháng 8/2011 đến hết tháng 12/2011: Tạm chưa khấu trừ thuế TNCN, tạm chưa thu thuế TNCN đối với người hưởng lương và cá nhân kinh doanh có mức thu nhập tính thuế đến bậc 1 của Biểu thuế lũy tiến từng phần theo quy định của Luật thuế TNCN.
Ngoài ra, ứng dụng HTKK phiên bản 3.0.1 đã cập nhật một số nội dung về kỹ thuật:
- Định dạng in báo cáo sử dụng hoá đơn BC26 trên khổ giấy A4 - chỉ áp dụng cho người nộp thuế lập BC26 có mã vạch (thay cho BC26 khổ giấy A3 trong phiên bản 3.0 trước đây, do 1 số người nộp thuế phản ánh không có máy in khổ A3).
- Tờ khai 01/GTGT: Mở rộng cột ký hiệu và số hoá đơn trên phụ lục 01-1/GTGT và 01-2/GTGT cho phép nhập tối đa 20 ký tự.
- Tờ khai 03/GTGT: Mở rộng các cột số liệu trên tờ khai cho phép nhập giá trị tối đa là 16 chữ số.
- Tờ khai thuế Tài nguyên 01/TAIN: Định dạng lại cột sản lượng cho phép nhập số thập phân với 3 chữ số sau dấu phẩy (trước đây là số thập phân với 2 chữ số sau dấu phẩy)
Bắt đầu từ kỳ tính thuế tháng 8/2011, khi kê khai và nộp tờ khai thuế Thu nhập cá nhân theo kỳ tính thuế tháng/quý có áp dụng công nghệ mã vạch, tổ chức cá nhân nộp thuế sẽ sử dụng các mẫu tờ khai TNCN tại phiên bản 3.0.1 thay cho phiên bản 3.0 trước đây. Đối với tổ chức, cá nhân nộp thuế không phát sinh tờ khai thu nhập cá nhân, người nộp thuế vẫn có thể sử dụng phiên bản HTKK 3.0 để kê khai và nộp các tờ khai thuế khác cho cơ quan thuế.

Lưu ý khi cài đặt HTKK 3.0.1: Người sử dụng cần gỡ bỏ ứng dụng HTKK phiên bản 3.0 đã có trên máy tính trước khi thực hiện cài đặt ứng dụng HTKK 3.0.1 (không cần gỡ bỏ ứng dụng HTKK 2.5.5 nếu trên máy tính trước đây đã cài đặt đồng thời 2 phiên bản 3.0 và 2.5.5)

Tổ chức, cá nhân nộp thuế có thể tải thông tin liên quan đến phần mềm Hỗ trợ kê khai thuế tại địa chỉ sau:
- Bộ cài ứng dụng HTKK phiên bản 3.0.1
- Bộ cài ứng dụng HTKK phiên bản 2.5.5_Update (đã thông báo cùng với phiên bản 3.0 trước đây).